Buat Soren (Jim Sturgess), mendengarkan kisah legendaris yang dituturkan ayahnya adalah sesuatu yang tak pernah membosankan. Legenda The Guardians yang melindungi para burung hantu dari ras Pure Ones yang ingin berkuasa selalu menjadi sumber inspirasi Soren yang ingin bisa menjadi salah satu The Guardians. Soren memang tak pernah tahu kalau apa yang ia harapkan ini bakal jadi kenyataan. Tapi tentu saja untuk bisa mewujudkan impian itu Soren harus berjuang sekuat tenaga.

Berbeda dengan Soren, Kludd (Ryan Kwanten), saudaranya sama sekali tak tertarik dengan kisah kepahlawanan ini. Buat Kludd kisah legenda ini hanyalah mimpi belaka. Suatu ketika, saat mereka saling dorong di atas sarang merek di atas pohon, Soren dan Kludd ditangkap oleh pasukan Pure Ones yang dipimpin oleh Metalbeak (Joel Edgerton) dan Nyra (Helen Mirren).

Soren dan Kludd dibawa ke tempat pelatihan para burung hantu yang akan dijadikan tentara untuk melawan The Guardians. Dengan bantuan Gylfie (Emily Barclay), Soren berhasil meloloskan diri dan berangkat menuju Great Ga'Hoole Tree, tempat persembunyian The Guardians. Dalam perjalanan mereka bertemu Twilight (Anthony LaPaglia), Digger (David Wenham), dan Mrs. Plithiver (Miriam Margolyes) dan berangkat bersama menuju Great Ga'Hoole Tree. Di saat yang sama Kludd ternyata berhasil dibujuk untuk bergabung dengan prajurit Pure Ones dan melawan The Guardians.